Za obavljanje djelatnosti Zavoda ustrojene su dvije unutarnje ustrojstvene jedinice:
- Odsjek za prostorno uređenje,
- Odsjek za stratešku infrastrukturu i razvoj
U Odsjeku za prostorno uređenje obavljaju se stručni poslovi izrade i praćenja provedbe dokumenata prostornog uređenja područne (regionalne) razine, izrade izvješća o stanju u prostoru županije, pripreme polazišta za izradu odnosno za stavljanje izvan snage prostornih planova užih područja, izrade mišljenja u postupku izrade i donošenja dokumenata prostornog uređenja, izrade prostornih planova uređenja velikog grada, grada odnosno općine i urbanističkih planova uređenja te obavljanje stručno-analitičkih poslova iz područja prostornog uređenja.
U Odsjeku za stratešku infrastrukturu i razvoj obavljaju se stručni poslovi u izradi dokumenata prostornih uređenja iz djelokruga rada Odsjeka (promet, energetika, vode i more) te drugih razvojnih projekata od interesa za županiju.